وی بیشتر طول عمرش را در حبس خانگی به سر برد؛ مخصوصاً به دلیل قول مشهوری که بیان می‌کرد وی صاحب فرزندی خواهد شد که به‌عنوان منجی آخرالزمان قیام خواهد کرد تا زمین را از عدالت پر کند. حسن عسکری طی سال‌های امامت خود در سامرا تحت محدودیت‌های اعمال‌شده از سوی خلافت عباسیان می‌زیست. وی زیر نظر جاسوسان خلیفه‌های وقت بود و لذا نمی‌توانست با شیعیان ارتباط آزادانه داشته باشد و تنها خواص اصحابش با وی شخصاً ارتباط داشتند. وی در سال ۲۶۰ ه‍.ق بیمار شد. معتمد، خلیفهٔ عباسی، چند نفر مراقب به همراه پزشک و قاضی القضات را بر بالین وی فرستاد. نهایتاً وی در اثر این بیماری در ۸ ربیع‌الاول آن سال مقارن با اول ژانویه ۸۷۴ درگذشت. به‌نوشتهٔ منابع شیعی، عاقبت به دستور معتمد خلیفهٔ عباسی مسموم، و در سامرا در کنار قبر پدرش علی هادی مدفون شد. او پس از انجام مراسم در منزلش دفن شد بنا بر روایت شیخ طوسی، عثمان بن سعید در طول بیماری حسن عسکری بر بالین وی بود و مراسم غسل و خاک‌سپاری را به جا آورد(مجموعه باربری های صداقت بار فشارکی)